Pajak penghasilan (所得税, Shotoku-zei) di Jepang bersifat progresif, artinya meningkat seiring bertambahnya pendapatan.
Pendapatan kena pajak dihitung dengan mengurangi asuransi sosial dan pengurangan penghasilan kerja dari gaji kotor.
Pengurangan penghasilan kerja (Kyuyo Shotoku Koujo, 給与所得控除) merupakan pengurangan untuk menutupi biaya yang diperlukan dalam bekerja, seperti seragam atau perlengkapan kantor.
Pengurangan dilakukan pada pendapatan dalam setahun.
Penghasilan yang dikurangi dengan sistem ini tidak dikenakan pajak penghasilan.
Pajak penduduk (住民税, Jumin-zei) biasanya sekitar 10 persen dari pendapatan kena pajak pada tahun sebelumnya.
Namun, pajak ini tidak dipotong pada tahun pertama bekerja di Jepang.
Pemotongan pajak penduduk baru dimulai pada tahun kedua dan seterusnya.
Meskipun perhitungan pajak penduduk cukup rumit, secara umum, pajak ini untuk seseorang dengan gaji 300.000 yen per bulan (atau 3.600.000 yen per tahun) berkisar 13.000 yen.
Kurangi semua potongan dari gaji kotor untuk mendapatkan gaji bersih.