Hal yang paling berbeda dari keduanya adalah implementasi skema institusi. Pekerja asing, baik yang memiliki visa Pekerja Berketerampilan Spesifik ataupun visa Magang, pada program Fishery dipekerjakan langsung oleh perusahaan Jepang di kapal penangkapan ikan Jepang. 

Sementara itu, pada kategori Maru-ship, orang asing direkrut dari luar negeri oleh pihak yang bukan perusahaan Jepang dan bekerja di kapal penangkapan ikan. 

Perbedaan lainnya, program Maru-ship fokus pada penangkapan ikan di laut dalam yang jauh dari pantai sehingga pekerja bisa saja terus berada di kapal selama berminggu-minggu. 

Di lain pihak, program Fishery melakukan penangkapan ikan di pesisir pantai dan pantai lepas, serta di bagian laut dalam, sehingga lama pekerja berada di kapal bervariasi bisa hanya satu hari atau bisa juga berminggu-minggu.

Terdapat beberapa sub-kategori dari program ini untuk Pekerja Berketerampilan Spesifik dan Pemagang, yaitu penangkapan ikan Bonito dengan kail satu mata, penangkapan ikan tuna dengan metode longline fishing (memancing tali panjang), penangkapan cumi dengan alat tangkap jigger, metode cantrang untuk bawah laut, metode roundhaul fishery, metode jaring drift netting, metode fixed net fishing, serta metode perangkap kepiting dan udang. 

Berdasarkan jenis sub-kategorinya, kategori ini diturunkan berdasarkan klasifikasi penangkapan ikan di pesisir pantai, lepas pantai, dan laut dalam. 

Industri Akuakultur

FAO (Food and Agriculture Organization) menyatakan bahwa industri akuakultur di Jepang telah dimulai sejak abad ke-16 di area sekitar Laut Pedalaman Seto Jepang. Budidaya hasil laut menopang permintaan tinggi makanan laut yang jumlahnya terbatas diakibatkan oleh degradasi lingkungan laut. 

Berdasarkan data Kementerian Agrikultur, Kehutanan dan Perikanan Jepang (MAFF), saat ini terdapat 60 jenis hasil laut yang masuk ke dalam bagian akuakultur pada industri perikanan Jepang. 

Program magang mencakup program kerja yang berkontribusi pada produksi kerang tiram dan kerang kipas sejak 2010. Pada program kerja untuk Pekerja Berketerampilan Spesifik, selain kedua produksi tersebut akan ditambahkan beberapa produksi lainnya seperti produksi belut laut, nori (rumput laut), mutiara, dan jenis ikan lainnya.