Benarkah pelaku yang ditangkap lima belas tahun itu tidak bersalah. Lantas siapa yang kali ini melakukan kejahatan serupa di Jepang? 

Para agen FBI yang mengetahui kasus itu termasuk Shuichi Akai mengajukan diri untuk bekerja sama dengan Conan menyelidiki kasus penculikan ini.

Terlebih dalam kasus penculikan di Boston sebelumnya, ada keterlibatan Alan Mackenzie, direktur FBI saat itu. 

Namun tanpa diketahui Conan dan yang lain, keluarga Akai termasuk ibu dan adik perempuannya juga memiliki misi lain yang terkait kasus penculikan berantai pemimpin perusahaan.

Hal ini membuat penyelidikan menjadi semakin rumit.

Bahkan, Shuichi Akai yang menyamar sebagai Subaru Okiya sempat terpaksa bentrok dengan adik perempuannya, Sera.

Aksi Menegangkan di Kereta Super Cepat

Klimaks film ini adalah saat Conan mengungkap jati diri pelaku dan melakukan konfrontasi dengannya di dalam kereta linear superkonduktor, kereta super cepat yang perdana meluncur di Jepang.

Adegan berlangsung menegangkan karena kereta tersebut ternyata akhirnya melaju tanpa dapat dikendalikan.

Conan dan kawan-kawan harus bahu-membahu berpacu dengan waktu untuk menghentikan tragedi sebelum kereta menghantam tanah.

Apa usaha Conan dan kawan-kawan akan berhasil?