Gadis itu adalah Mai Sakurajima, kakak kelasnya yang juga merupakan artis nasional terkenal.

Tapi saat itu, dia sedang mengalami kondisi misterius, tubuhnya menghilang dan tidak terlihat oleh siapa pun kecuali Sakuta.

Rascal Does Not Dream of Bunny Girl Senpai menceritakan Mai yang menghilang akibat sindrom pubertas. Ia cuma bisa dilihat oleh adik kelasnya, Sakuta Azusagawa.

Mai mengalami sindrom pubertas, sebuah fenomena aneh yang menyebabkan dirinya tak bisa dilihat oleh orang lain.

Sakuta pun memutuskan untuk membantunya, meskipun ia sendiri enggak sepenuhnya paham apa yang sebenarnya sedang terjadi.

Namun, di tengah misteri itu semua, hubungan mereka mulai tumbuh pelan-pelan.

Di kota Fujisawa, yang dikelilingi laut dan langit biru, dimulailah kisah cinta yang enggak biasa antara seorang cowok kikuk dan gadis kelinci.

Cerita berlanjut dengan Sakuta yang terus berusaha menyembuhkan Mai dari sindrom pubertas yang bikin hidupnya kacau.

Tapi di tengah usaha itu, muncul kejadian tak terduga yang bikin situasi semakin rumit.

Lalu, bagaimana masa depan hubungan mereka? Apakah mereka bisa melewati semua keanehan dan tetap bersama?